Kulturhistorische Ausstellung: Im ehemaligen Kapitelsaal werden sakrale Kunstwerke gezeigt, die sonst in Sakristeien verborgen liegen. Die ältesten Altargeräte, Gewänder und Statuen reichen bis in die Zeit um 1200 zurück. Ein zweiter Raum gibt einen Überblick über die Geschichte der Abtei Disentis. Zeugen sind u.a. die frühmittelalterlichen Stuckfragmente, die erste Mitra eines Disentiser Abtes oder ein Foliant mit gregorianischen Choralmelodien. Weitere Schwerpunkte der Ausstellung bilden die Textilien mit Kostbarkeiten aus dem 14.–19. Jahrhundert und volkskundliche Objekte aus dem christlichen Brauchtum von der Weihnachtskrippe bis zum Grabkreuz.

Sonderausstellung: Zu sehen sind ausgewählte Beispiele aus der Sammlung der griechischen und russischen Ikonen aus dem 17. bis 19. Jahrhundert. Als besondere Kostbarkeiten sind eine 28-teilige russische Festtagsikone und ein sogenanntes Athoskreuz des Georg Laskaris von 1569 hervorzuheben.

Naturgeschichtliche Ausstellung: Im Galeriegeschoss des Klostermuseums befindet sich die naturgeschichtliche Ausstellung. Der erste Raum gibt eine geologisch-mineralogische Übersicht der Region, u.a. mit einem Querschnitt durch Gotthard- und Aarmassiv. In einem Kabinett werden bedeutende Kristalle und Mineralien der einheimischen Strahler gezeigt. Weitere Themen sind die Verarbeitung und Verwendung des Specksteins und die naturwissenschaftliche Forschung bedeutender Disentiser Konventualen.
Der zweite Raum zeigt die einheimische Fauna, von den Fischen und Vögeln zu Hirsch, Murmeltier und Adler. Die Exponate sind nach ihren Lebensbereichen und Vorkommen geordnet, nach Gewässer, Kulturland/Siedlung, Waldgebiet und Alpine Zone. Die Ausstellung beschränkt sich auf die Vorkommen der Region und bildet so eine Ergänzung zum Bündner Naturmuseum in Chur und zum Nationalparkmuseum in Zernez.